En la década de 1990 los problemas financieros de Pluna, encontraron en parte una salida positiva cuando en 1994 el gobierno uruguayo vendió una participación del 49% de la aerolínea de bandera a un consorcio liderado por la empresa brasilera VARIG. De esta manera la empresa funcionó hasta el mes de Jun2005, cuando la firma brasilera por problemas propios entró en un concurso de quiebra a partir del 11Jun2005. En medio de buscar una salida para el porcentaje de participación en Pluna, durante casi un año, negoció con capitales de Venezuela, relacionados con la compañía estatal Conviasa. Los rumores aseveraban que se harían de la empresa. Pero el acuerdo fracasó oficialmente en Jul2006. En Sep2006, el gobierno uruguayo adquirió el 98% de PLUNA, reduciendo la participación de VARIG a sólo 2%. Finalmente el día 04Ene2007 Uruguay inició las negociaciones para vender el 75% de sus acciones a un consorcio privado denominado Leadgate. Este estaba conformado por inversionistas de Alemania, Estados Unidos, Uruguay y Argentina. Durante los últimos tiempos de la administración VARIG, la compañía contaba con una flota, algo heterogénea. Entre sus aviones, se destacaba un commuter ATR-42. La medida pretendía cubrir rutas domésticas y vuelos regionales con mayor flexibilidad horaria y tarifaría.
El día 11Ene2005, el estado uruguayo autorizó la incorporación de la aeronave ATR-42 al patrimonio de la empresa Pluna. La gestión, promovida por el Comando General de la Fuerza Aérea Uruguaya a través de la Dirección Nacional de Aviación Civil e Infraestructura Aeronáutica le dio curso por medio de la Resolución 69/04 del 26Feb2004.
Antes de su incorporación a Pluna, durante el periodo May/Jun2003, la máquina se encontraba almacenada en Calgary, Canadá, luciendo esquema completamente blanco y registro colombiano. El día 13Feb2004 la aeronave destinada a Pluna aun lucía esquema blanco, pero portaba registro canadiense C-GZMV. Mientras tanto desde Uruguay ya se promocionaba la llegada del aparato, los anuncios de la empresa narraban "Este ágil avión, de 47 cómodas plazas, nos permitirá brindarte dos opciones de tarifa más convenientes entre Montevideo / Buenos Aires y Punta del Este / Buenos Aires".
El ATR-42 arribó al aeropuerto de Pampulha, Belo Horizonte el día 07Mar2004. Seguidamente fue sometido a trabajos de pintura, mientras tanto el registro canadiense fue cancelado el 12Mar2004.
En Jun2004 Pluna manifestó su intención de retomar los vuelos a la ciudad de Salto, utilizando para tal fin el ATR-42.
La compañía uruguaya sumó a su flota la aeronave ATR42-320, equipada con dos motores Pratt & Whitney, en el proceso de nacionalización de la aeronave se le otorgó la matrícula CX-PUC, comenzando a operar dentro del los itinerarios de regulares de pasajeros, correo y carga. La aeronave lucía un particular esquema de pintura, ya que en lugar de los títulos habituales de la empresa se consignaba sobre el fuselaje la página web de la aerolínea "www.pluna.aero". El turbohélice, no tardó en convertirse en un habitué del Aeroparque Jorge Newbery.
A principios de 2006 Pluna y la empresa ATR firmaron un acuerdo preliminar para la celebración de un contrato de arrendamiento con opción de compra, de un avión ATR 42-300 adicional para ser empleado en la ruta Montevideo y Punta del Este con Aeroparque. La máquina con capacidad para 46 pasajeros, sería incorporada bajo la modalidad de "Leasing Financiero" o "Arrendamiento con opción de Compra", juntamente con la inclusión de un stock de repuestos.
La entrega del avión se había programado a hacerse efectiva en la ciudad de Campinas el 15Ene2006. Pluna una vez que contara con los dos aviones ATR, estudiaba sumar nuevos destinos regionales con este tipo de avión. De esta manera el avión PP-PTE -cn. 014- fue observado luciendo esquema completo de la compañía uruguaya el 04Abr2006 en San Pablo, Brasil. La realidad es que este aparato no llegaría a sumarse a Pluna. La misma fue detectada en Viracopos el 17Sep2006 luciendo esquema completo de la empresa cubana AeroCaribbean, y en poco tiempo, el único aparato en funciones fue dado de baja en 22Nov2006, siendo almacenado en Montevideo. El 28Jul2007 partió desde el aeropuerto Carrasco con destino a Belo Horizonte. El registro PP-PTJ había sido reservado a nombre de Trip Linhas Aéreas, sin embargo el 18Ago2007, el CX-PUC fue detectado en Campinas-Amarais -almacenado-, luciendo aun su identificación charrúa. Ese fue el fin de los turbohélices en Pluna: por ahora.
Detalle de las aeronaves* cn. 014 Aeritalia 42-300 (1986) FF. 20May86 - F-WWEB ATR. N421MQ American Eagle Airlines / Simmons Airlines 10Jun86;American Eagle Airlines / Executive Air Charter 13Dic90 American Eagle Airlines / Executive Airlines 01Ene91; American Eagle Airlines / Simmons Airlines 31Mar91 - último vuelo 11May98 - reg. cancelado 11Jun98; F-WQIE ATR 10Jun98, CU-T1297 AeroCaribbean Jul98, rr. CU-T1511 Mar2001, PP-PTE TRIP 16Mar2004 - Abr2006; (CX-PUE?) Pluna Abr2006 ntu. ATR Oct2006; CU-T1550 AeroCaribbean 24Oct2006 li. Desmantelado en La Havana en Sep2019.* cn. 284 Aeritalia 42-320 FF. 18Dic91 - F-WWLJ ATR. HK-3684X ACES Colombia 05Feb92; C-GZMV Avmax Group 29Ago2003; CX-PUC Pluna 12Mar2004 - Retornó al lessor 22Nov2006 Almacenado; PP-PTJ TRIP 17Jul2007 li. N285DG Decartur 06May2014.